為瞭解國有林班地內溪流及陸域魚類、共棲物種狀況,林業及自然保育署自80年代開始執行森林溪流魚類調查,於臺中分署主要選定分署內南湖溪、橫流溪以及雪山坑溪,每季或每半年進行溪流魚類調查,透過固定30分鐘的調查努力量與形質測量、溪流水文與其他水生生物調查記錄,了解森林溪流魚類的族群變化概況,並於測量後當場釋放,同時進行外來魚種的移除工作。 自108年至113年間臺中分署轄區內共記錄12種魚種,其中包含三級保育魚類-埔里中華爬岩鰍,而其他關注物種有纓口臺鰍、臺灣間爬岩鰍和臺灣白甲魚以及外來種香魚,三級保育類的埔里中華爬岩鰍,僅在110年調查到較多數量共12尾,其他年間則甚少發現,可能是數量本就不多或其他原因離開調查溪段,有待持續監測瞭解;而屬於易危類別的纓口臺鰍和臺灣間爬岩鰍在本分署仍有調查到相當的數量,族群現況尚屬穩定。